Có thể nói bên cạnh những kết quả đã đạt được, thì mô hình CBQS xã, phường, thị trấn bộc lộ nhiều hạn chế, bất cập. Ðó là việc xây dựng quy chế làm việc, tổ chức hoạt động của một số chi bộ còn chồng chéo, chưa phát huy hiệu quả vai trò tham mưu giúp cấp ủy, chính quyền trong lãnh đạo, chỉ đạo về nhiệm vụ quốc phòng và quân sự địa phương; chưa phân định rõ vai trò của cấp ủy xã, phường, thị trấn với vai trò của cấp ủy chi bộ quân sự. Ðặc biệt, đồng chí bí thư chi bộ quân sự kiêm nhiệm nhiều chức danh nên công tác lãnh đạo thực hiện nhiệm vụ có sự trùng lắp, hoặc chưa kịp thời. Trong Hướng dẫn số 35- HD/BTCTW, thì chi bộ quân sự xã là chi bộ trực thuộc và chịu sự lãnh đạo trực tiếp của đảng ủy xã (phường, thị trấn), nhưng khi hoạt động còn lúng túng trong công tác phối hợp lãnh đạo, chỉ đạo giữa đảng ủy quân sự huyện và đảng ủy xã, phường, thị trấn. Số đảng viên phần lớn cư trú ở thôn, bản, tổ dân phố, nên ảnh hưởng đến sinh hoạt chi bộ và nguồn phát triển đảng viên.