Ở Việt Nam, từ năm 1995, Bệnh viện Truyền máu - Huyết học TPHCM đã tiến hành ca ghép tế bào gốc đầu tiên để điều trị cho bệnh nhân bị bệnh máu. Đến nay, nhiều hoạt động liên quan tới tế bào gốc ở nước ta bao gồm: tổ chức các Trung tâm tế bào gốc, đào tạo cán bộ, tiếp nhận tế bào gốc, ứng dụng tế bào gốc trong điều trị bệnh hiểm nghèo đã phát triển mạnh mẽ trên cả nước. Nhiều bệnh viện đã triển khai nghiên cứu và ứng dụng ghép tế bào gốc trong điều trị thành công như: Trung ương Huế, Nhi Trung ương, Trung ương Quân đội 108. Hiện nay, việc nghiên cứu và ứng dụng tế bào gốc không còn giới hạn trong việc điều trị các bệnh máu mà đã được nghiên cứu và ứng dụng trong nhiều chuyên khoa khác nhau như: mắt, tim mạch, xương khớp, bỏng, da liễu, thẩm mỹ, nhi khoa.