Giải nữ năm nay thi đấu 2 lượt. Lượt đi khởi tranh từ ngày 9 tới 30-5 tại SVĐ Hà Nam, tỉnh Hà Nam, lượt về diễn ra từ ngày 22-8 tới 12-9 tại SVĐ Thống Nhất, TPHCM.
Điểm mới của giải năm nay, qua thi đấu vòng tròn 2 lượt, ban tổ chức sẽ chọn 4 đội có thứ hạng cao nhất để chia cặp đá bán kết, chung kết. Giải nữ VĐQG 2016 có 8 đội đăng ký tranh tài là Hà Nội 1, Hà Nội 2, TPHCM 1, TPHCM 2, Phong Phú Hà Nam, Thái Nguyên, Than khoáng sản Việt Nam, Sơn La.
Năm 2015, đội nữ TPHCM của HLV Đoàn Kim Chi đã giành chức VĐQG.