Thực hiện ý kiến của Thủ tướng Chính phủ về Danh mục bệnh hiểm nghèo để xác định cá nhân mắc bệnh hiểm nghèo được giảm thuế Thu nhập cá nhân tại Công văn số 3129/VPCP-KTTH ngày 06/5/2015 của Văn phòng Chính phủ. Ngày18/5/2015 Bộ tài chính đã ban hành Công văn số 6383/BTC-TCT. Về việc xác định cá nhân mắc bệnh hiểm nghèo được xét giảm thuế Thu nhập cá nhân theo đó: Danh mục các bệnh hiểm nghèo được kèm theo Công văn 6383/BTC-TCT được áp dụng từ năm 2014 đến khi Bộ Y tế có văn bản chính thức quy định, hướng dẫn về Danh mục bệnh hiểm nghèo thì việc xét giảm thuế Thu nhập cá nhân đối với cá nhân mắc bệnh hiểm nghèo sẽ thực hiện theo Danh mục bệnh hiểm nghèo do Bộ Y tế quy định.
Hồ sơ miễn, giảm thuế thu nhập cá nhân đối với người nộp thuế bị mắc bệnh hiểm nghèo thực hiện theo quy định tại tiết b.3, điểm b, khoản 1, Điều 46, Thông tư số 156/2013/TT-BTC của Bộ Tài chính. Theo đó, hồ sơ đối với người nộp thuế mắc bệnh hiểm nghèo gồm: Văn bản đề nghị giảm thuế theo mẫu số 18/MGT-TNCN ban hành kèm theo Thông tư 156/2013/TT-BTC; bản chụp hồ sơ bệnh án hoặc sổ khám bệnh. Các chứng từ chứng minh chi phí khám chữa bệnh do cơ quan y tế cấp, hoặc hóa đơn mua thuốc chữa bệnh kèm theo đơn thuốc của bác sỹ; tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân (nếu thuộc đối tượng phải quyết toán thuế)”. Các chứng từ chứng minh chi phí khám chữa bệnh do cơ quan y tế cấp hoặc hoá đơn mua thuốc chữa bệnh kèm theo đơn thuốc của bác sỹ, có thể là bản chụp. Trường hợp xét thấy cần thiết khi xử lý miễn thuế, giảm thuế thu nhập cá nhân thì cục thuế sẽ tiến hành kiểm tra tính chính xác của các chứng từ chứng minh chi phí khám chữa bệnh do cơ quan y tế cấp hoặc hoá đơn mua thuốc chữa bệnh. Cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công đồng thời thuộc diện miễn, giảm thuế do mắc bệnh hiểm nghèo trực tiếp quyết toán thuế với cơ quan thuế nơi cư trú và được hoàn thuế (nếu có). Trong hồ sơ đề nghị giảm thuế do mắc bệnh hiểm nghèo phải có tờ khai quyết toán thuế thu nhập cá nhân theo mẫu 09/KK-TNCN. Trường hợp cá nhân đã ủy quyền quyết toán thuế, thì cá nhân yêu cầu tổ chức quyết toán thay cấp chứng từ khấu trừ thuế theo hướng dẫn để làm hồ sơ quyết toán tại cơ quan thuế nơi cư trú theo quy định. Thủ tục hoàn số thuế thu nhập cá nhân sau khi được giảm thuế TNCN được thực hiện theo quy định tại Điều 57 Thông tư số 156/2013/TT-BTC. Việc xử lý hồ sơ miễn, giảm thuế thu nhập cá nhân do mắc bệnh hiểm nghèo thực hiện theo Quy trình miễn thuế, giảm thuế hiện hành của Tổng cục Thuế quy định.