Theo Nghị định 139, mức thu lệ phí môn bài đối với tổ chức hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ có vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư trên 10 tỷ đồng là 3 triệu đồng/năm; đối với tổ chức có vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư từ 10 tỷ đồng trở xuống là 2 triệu đồng/năm; đối với chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh, đơn vị sự nghiệp, tổ chức kinh tế khác là 1 triệu đồng/năm. Mức thu lệ phí môn bài đối với tổ chức căn cứ vào vốn điều lệ ghi trong giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh; trường hợp không có vốn điều lệ thì căn cứ vào vốn đầu tư ghi trong giấy chứng nhận đăng ký đầu tư. Nghị định cũng quy định rõ, khi các tổ chức này có thay đổi vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư thì căn cứ để xác định mức thu lệ phí môn bài là vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư của năm trước liền kề năm tính lệ phí môn bài. Trường hợp vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư được ghi trong giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy chứng nhận đăng ký đầu tư bằng ngoại tệ thì quy đổi ra tiền Việt Nam đồng để làm căn cứ xác định mức lệ phí môn bài theo tỷ giá mua vào của ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng nơi người nộp lệ phí môn bài mở tài khoản tại thời điểm người nộp phí môn bài nộp tiền vào ngân sách Nhà nước.
Việc khai lệ phí môn bài được thực hiện 1 lần khi người nộp lệ phí mới ra hoạt động kinh doanh, chậm nhất là ngày cuối cùng của tháng bắt đầu hoạt động sản xuất kinh doanh. Trường hợp mới thành lập cơ sở kinh doanh nhưng chưa hoạt động sản xuất kinh doanh thì phải kê khai nộp lệ phí môn bài trong thời hạn 30 ngày, kể từ ngày được cấp giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc ngày cấp giấy chứng nhận đăng ký đầu tư và đăng ký thuế.
Bên cạnh những quy định về người nộp và mức thu thuế môn bài, Nghị định 139 cũng quy định 7 trường hợp được miễn lệ phí môn bài gồm: cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình hoạt động sản xuất, kinh doanh có doanh thu hàng năm từ 100 triệu đồng trở xuống; cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình hoạt động sản xuất, kinh doanh không thường xuyên, không có địa điểm cố định theo hướng dẫn của Bộ Tài chính; cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình sản xuất muối; tổ chức, cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình nuôi trồng, đánh bắt thủy, hải sản và dịch vụ hậu cần nghề cá; điểm bưu điện văn hóa xã, cơ quan báo chí (báo in, báo nói, báo hình, báo điện tử); chi nhánh văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của hợp tác xã hoạt động dịch vụ kỹ thuật trực tiếp phục vụ sản xuất nông nghiệp; quỹ tín dụng nhân dân xã, hợp tác xã chuyên kinh doanh dịch vụ phục vụ sản xuất nông nghiệp; chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của hợp tác xã và của doanh nghiệp tư nhân kinh doanh tại địa bàn miền núi (địa bàn miền núi được xác định theo quy định của Ủy ban Dân tộc).