Cuối ngày, Kho bạc Nhà nước cung cấp số liệu chi hoàn thuế tại từng địa phương và toàn quốc cho Tổng cục Thuế để theo dõi, đối chiếu và quản lý. Đồng thời, Tổng cục Thuế cũng phối hợp với cơ quan Hải quan, cung cấp thông tin, số liệu tờ khai nhập khẩu hàng hóa và doanh nghiệp liên quan đến hồ sơ hoàn thuế. Đến hết tháng 11-2016, Tổng cục Thuế đã ứng dụng hoàn thuế điện tử tại Cục Thuế Hà Nội, Đồng Nai, TP Hồ Chí Minh, Hải Phòng và Bình Dương. Việc hoàn thuế điện tử được triển khai toàn quốc từ quý I-2017.