Căn cứ tình hình thực tế từng huyện, chương trình sẽ triển khai đồng loạt hoặc tổ chức thành từng đợt theo từng cụm xã. Vòng 1 từ ngày 10 - 17/11, tiêm mũi 1 cho trẻ chưa được tiêm vắc xin VNNB, tiêm mũi 2 cho trẻ đã tiêm 1 mũi trong quá khứ và mũi 3 cho trẻ đã tiêm 2 mũi được trên 1 năm. Vòng 2 sẽ tổ chức từ ngày 26 - 31/11, tiêm mũi 2 và mũi 3 cho các đối tượng tiêm sót. Điểm tiêm chủng tổ chức tại trường học, trạm y tế và cộng đồng để đảm bảo kết quả tiêm chủng đạt trên 90%.
Tính đến 30/9, Điện Biên ghi nhận 95 trường hợp mắc viêm não vi rút, trong đó tử vong 4 trường hợp. Qua lấy 50 mẫu bệnh phẩm xét nghiệm có 17 trường hợp dương tính với VNNB tại 5 địa bàn có nguy cơ cao như trên và TP. Điện Biên Phủ.